La comptabilité d’une PME n’est pas qu’une obligation envers l’administration. Bien tenue, elle vous dit chaque mois si l’entreprise gagne de l’argent, combien il en reste en banque, et ce qui va tomber dans trois mois.
Cette page présente les obligations, les outils et les indicateurs à suivre. Chaque sujet renvoie vers une fiche détaillée.
Ce que la loi impose selon votre statut
Les obligations comptables varient fortement selon la forme de l’entreprise et le régime fiscal.
Un micro-entrepreneur tient un livre des recettes et, s’il vend des marchandises, un registre des achats. Pas de bilan, pas de compte de résultat.
Une entreprise au régime réel ou une société tient une comptabilité complète : enregistrement chronologique des opérations, inventaire annuel, comptes annuels comprenant le bilan, le compte de résultat et, au-delà de certains seuils, une annexe. Les sociétés doivent en plus faire approuver leurs comptes par les associés et, pour la plupart, les déposer au greffe.
Cette différence explique pourquoi la question du logiciel ou de l’expert-comptable ne se pose pas de la même façon pour tout le monde.
Les outils : logiciel de comptabilité et logiciel de facturation
Deux outils sont souvent confondus, alors qu’ils ne font pas le même travail.
Le logiciel de facturation sert à établir les devis et les factures, à suivre les paiements et à relancer les retards. C’est l’outil du quotidien. Notre comparatif des logiciels de facturation pour PME et indépendants présente les critères qui comptent vraiment.
Le logiciel de comptabilité enregistre toutes les opérations, rapproche les relevés bancaires et produit les comptes annuels. Beaucoup de solutions proposent les deux fonctions. Le choix dépend de votre volume d’opérations et de la répartition du travail avec votre comptable, comme l’explique notre guide pour choisir un logiciel de comptabilité.
Quel que soit l’outil, une facture reste soumise à des règles strictes. Numérotation, identification du client, date, taux de TVA : la liste des mentions obligatoires sur une facture est longue, et un oubli peut entraîner une amende.
La facturation électronique : le chantier de 2026 et 2027
C’est le changement le plus important pour les PME depuis des années. Le calendrier fixé par la loi de finances pour 2024 est le suivant, d’après economie.gouv.fr :
- depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises, quelle que soit leur taille, doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques
- à la même date, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre leurs factures au format électronique
- au 1er septembre 2027, l’obligation d’émission s’étend aux PME et aux micro-entreprises
Les échanges passent par une plateforme agréée par l’administration fiscale, choisie par l’entreprise, directement ou via son logiciel. Les micro-entrepreneurs en franchise de TVA sont aussi concernés, car ils restent assujettis à la TVA.
Concrètement, une PME a un an pour se préparer à l’émission. C’est court si vous changez d’outil. Notre fiche sur la facture électronique obligatoire détaille les étapes et les questions à poser à votre éditeur.
Expert-comptable ou comptabilité en interne
Aucune loi n’oblige une PME à faire appel à un expert-comptable. Mais tenir seul une comptabilité complète, produire une liasse fiscale et suivre les évolutions de la réglementation demande du temps et des compétences.
La répartition la plus courante dans les petites structures : le dirigeant ou un salarié saisit les factures et classe les justificatifs, l’expert-comptable révise, établit les comptes annuels et les déclarations fiscales. Les formules, les tarifs pratiqués et la façon de comparer les offres sont présentés dans notre fiche sur le choix d’un expert-comptable pour une PME.
Notre avis : même si vous gérez seul, faites relire votre premier bilan. Les erreurs de la première année se répercutent souvent sur les suivantes.
La fiscalité de l’entreprise
Deux impôts structurent la vie fiscale d’une PME.
La TVA
La TVA est collectée sur vos ventes et reversée à l’État, après déduction de celle payée sur vos achats. Le régime dépend de votre chiffre d’affaires : franchise en base, régime simplifié ou régime normal, avec des déclarations plus ou moins fréquentes. Les taux, les régimes et les erreurs à éviter sont réunis dans notre fiche sur la TVA de l’entreprise.
L’impôt sur les sociétés
Les sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés sont imposées au taux normal de 25 %. Un taux réduit de 15 % s’applique sur la part du bénéfice allant jusqu’à 42 500 €, sous deux conditions rappelées par Entreprendre Service Public : un chiffre d’affaires inférieur ou égal à 10 millions d’euros et un capital entièrement libéré, détenu à 75 % au moins par des personnes physiques.
Attention si votre société appartient à un groupe. Le Conseil d’État a précisé en 2025 que c’est alors le chiffre d’affaires du groupe qui compte pour apprécier le seuil.
L’impôt se paie en principe par quatre acomptes trimestriels et un solde. Le calcul, les échéances et les cas d’option sont détaillés dans notre fiche sur l’impôt sur les sociétés.
Piloter avec des chiffres, pas seulement déclarer
Une comptabilité qui ne sert qu’une fois par an, au moment du bilan, ne vous aide pas à décider. Le vrai intérêt est ailleurs : savoir chaque mois où vous en êtes.
Un tableau de bord simple suffit souvent. Quelques indicateurs suivis régulièrement donnent une image fidèle de la santé d’une PME :
- le chiffre d’affaires du mois, comparé au même mois de l’année précédente
- la marge brute, pour vérifier que vos prix couvrent vos coûts directs
- la trésorerie disponible et sa prévision à trois mois
- le délai moyen de paiement de vos clients
- le montant des factures en retard
Notre guide pour construire un tableau de bord de PME propose une méthode et un ordre de priorité entre ces indicateurs.
Le suivi de la trésorerie, lui, rejoint les questions de financement. Le pilier financer son entreprise explique comment anticiper un besoin avant qu’il ne devienne urgent.
Le calendrier type d’une PME
Les échéances varient selon le régime, mais la plupart des PME retrouvent ce rythme :
| Fréquence | Tâche | Fiche liée |
|---|---|---|
| Chaque semaine | Classer les justificatifs, relancer les impayés | Logiciel de facturation |
| Chaque mois ou trimestre | Déclarer la TVA selon votre régime | TVA |
| Chaque trimestre | Payer les acomptes d’IS | Impôt sur les sociétés |
| Chaque mois | Mettre à jour le tableau de bord | Tableau de bord |
| Chaque année | Comptes annuels, liasse fiscale, approbation | Expert-comptable |
Questions fréquentes sur la gestion
Un micro-entrepreneur a-t-il besoin d’un logiciel de comptabilité ?
Ses obligations comptables sont allégées, mais un outil de facturation reste utile pour émettre des factures conformes et suivre le chiffre d’affaires. Avec la facturation électronique, il devra aussi passer par une plateforme agréée.
Quand faut-il prendre un expert-comptable ?
Rien ne l’impose légalement à une PME. Beaucoup de sociétés y recourent pourtant dès la création, pour sécuriser le bilan, les déclarations fiscales et la paie. Le coût dépend du volume de pièces et des missions confiées.
Combien de temps garder ses factures ?
Les durées de conservation varient selon la nature du document et la règle, comptable ou fiscale, applicable. Conservez vos pièces au moins le temps de la durée la plus longue, et vérifiez-la auprès de votre comptable.
Par où commencer
Si vous créez votre entreprise, choisissez d’abord un outil de facturation compatible avec la facture électronique. Si votre entreprise tourne déjà, vérifiez que votre solution actuelle sait recevoir des factures électroniques depuis le 1er septembre 2026, puis préparez l’émission avant septembre 2027.